有關中央研究院院長面對立法委員質詢時，提到課綱審議應符合法定程序，教育部回應說明如下：
本次高中課綱微調係繼102年數學及自然領域課程綱要微調後，持續精進發展的歷程。由國家教育研究院(以下簡稱國教院)籌組檢核工作小組擬訂課綱草案，並由高中課程發展工作圈和學科中心召開諮詢會議，及分區辦理3場公聽會，廣徵全國教師及社會各界的意見。修正後的課綱草案，先由國教院課程發展委員會進行專業審查，再由教育部召開課程審議會之高中分組審議會及審議大會完成審議，通過課綱微調案；同時，依行政程序法之規定，送行政院公報中心於103年2月10日發布後實施，完全符合法定程序。監察院103年7月22日亦已調查完竣，調查報告肯定教育部程序及內容上並無不當。
104年2月12日臺北高等行政法院之判決，僅請教育部須就「十二年國民基本教育課程審議會」之會議紀錄與記名投票單，提供台灣人權促進會閱覽、抄錄，並未涉及課綱微調之程序及內容。鑑於政府資訊公開法第18條第1項第3款規定賦予政府機關衡酌整體公共利益之裁量權限，再者對於政府資訊公開範疇及公益衡量標準，過去也有不同判決先例，為確保爾後參與政府機關類此內部諮商會議之委員能暢所欲言並進行翔實思考辯論，故教育部依法提出上訴，希望回歸政府資訊公開法立法高度，由最高行政法院審慎思考，統一法律見解，以利各機關遵行。
另國教院從103年6月起，陸續組成十二年國民基本教育各領域綱要研修小組，展開領域綱要研修工作。為廣泛蒐集各界對十二年國民基本教育各領域/科目/群科課程綱要草案之意見，以作為進一步研議之重要參據，已於104年8月18日公布第一波之領域/科目/群科課程綱要草案，並辦理為期45天的網路論壇，且已透過諮詢會議及分區公聽會之辦理，聽取各界的意見。期待透過公開、多元的方式，取得全民最大的共識，並提出草案，再送交課審會審議。
為回應外界對課綱微調之關注，104年8月4日立法院朝野黨團協商結論，請教育部即刻依照高級中等教育法第43條規定啟動「高級中等以下學校課程審議會」，進行課綱檢討。教育部即於104年8月28日召開高級中等以下學校課程審議會審議大會(簡稱課審大會)，針對本次103年微調課綱，引發各界關注及對政府資訊公開之意見，審慎提會進行檢討，會中決議依據「高級中等以下學校課程審議會作業要點」第14點第2項規定，成立「高級中等學校歷史課綱專家諮詢小組」，委員成員包含課程學者專家、歷史學科學者專家、高級中等學校歷史科教師及教育行政單位等代表。目前已彙整各教育學術相關機關（構）、學校、法人及團體所推薦之委員名單，由教育部部長遴聘後將儘速啟動相關研商會議。該專家小組會議運作，除公布會議紀錄外，委員名單及個別委員發言摘要均須對外公開。同時，審議大會也建議該小組應積極考量全程網路直播或開放師生旁聽。
教育部秉持一貫教育中道的原則與立場，尊重教師專業，以平和、務實、創新的態度，進行理性溝通與平和探討，讓教育現場回歸相互尊重與包容，未來將持續依法行政，遵循課程發展、審議之專業權責分工，以維持課程發展專業性與中立性。