有關105年4月11日高雄醫學大學董事會通過「校長監督及考核辦法」，教育部強調，依私立學校法(以下簡稱私校法)規定，董事會依法可監督、考核校長；但亦應尊重校長依法令規章綜理校務，並在符合私校法規定下，方得解聘校長。因此，在不違反私校法相關規定前提，教育部尊重董事會訂定相關校長監督及考核辦法，但也會檢視前開辦法是否違反私校法規定。
教育部表示，針對董事會與校長間的法律關係，私校法明確規定如下：
一、 依私校法第41條第3項規定：「校長依法令及學校章則綜理校務，執行學校法人董事會之決議，受其監督、考核，並於職務範圍內，對外代表學校。」因此，校長依法綜理校務，董事會並得對校長進行監督及考核。
二、 另依私校法第29條規定：「董事會、董事長、董事及監察人應依本法及捐助章程之規定行使職權，並應尊重校長依本法、其他相關法令及契約賦予之職權。」因此，董事會亦應尊重校長依法行使職權。
三、 依私校法第43條規定，校長利用職務機會犯罪、提起公訴者，學校法人得予停聘；另校長經判決確定有罪，或嚴重違反教育法令，或有損師道情節重大者，學校法人應即解聘。校長之解聘並應依私校法第32條規定以董事會總額3分之2以上出席，董事總額過半之同意行之。
董事會監督考核校長之方式，依現行學校實務操作模式，可分為下列三種型態：包含(一)納入聘約中、(二)明訂董事與校長職權劃分，及(三)訂定相關規範納入校長監督考核辦法。倘若董事會以訂定校長監督考核辦法方式進行，該辦法在不違反私校法相關規定狀況下，係屬董事會職權。
為保障學生受教權益，有關近期外界指陳高雄醫學大學董事會違反相關法令之疑義，本部將儘速依私校法第19條規定指派公益監察人參與高雄醫學大學董事會，以監察該校及董事會之財務、帳冊、文件、決算報告及其他捐助章程規定事項，並確認董事會與學校間是否有違反私校法相關規定。