為防疫需要，教育部澄清大專校院對大陸學生仍應依「因應嚴重特殊傳染性肺炎學校對陸生管理計畫工作指引」進行分流管理（採行集中檢疫管理、自主健康管理及集中監測管理），並無以管理措施取代工作指引之情事。
「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」（簡稱：指揮中心）針對防疫工作定有相關規定，說明如下：
（一） 因應嚴重特殊傳染性肺炎學校對陸生管理計畫工作指引
指揮中心於109年1月26日以肺中指字第1093800016號函教育部「因應嚴重特殊傳染性肺炎學校對陸生管理計畫工作指引」，對大陸學生分為三類進行管理。
| 類別 | 時間點 | 條件 | 管理方式 | 申請程序 |
| 第一類 | 指109年1月26日前已入境之陸生 | 過去14天曾有中國大陸湖北省之旅遊史或居住史者 | 集中檢疫管理 | 無 |
| 第二類 | 指109年1月26日前已入境之陸生 | 未曾有中國大陸湖北省之旅遊史或居住史者 | 自主健康管理 | 無 |
| 第三類 | 指中央流行疫情指揮中心公告重新開放入境後之陸生 | 自中國大陸入境之學生 | 集中監測管理 | 學校須擬訂管理計畫送中央流行疫情指揮中心審核 |
（二） 各級學校、幼兒園、實驗教育機構及團體、補習班、兒童課後照顧中心及托育機構因應中國大陸新型冠狀病毒肺炎疫情開學前後之防護建議及健康管理措施
指揮中心於1月29日以肺中指字第1093700031號函教育部「各級學校、幼兒園、實驗教育機構及團體、補習班、兒童課後照顧中心及托育機構因應中國大陸新型冠狀病毒肺炎疫情開學前後之防護建議及健康管理措施」，教育部同日公告，請各級學校、幼兒園及補習班等務必依照本建議及管理措施進行所有教職員工生開學前後之防護及健康管理措施。
工作指引及管理措施相關訊息已放置教育部「嚴重特殊傳染性肺炎防疫專區」最新消息（https://cpd.moe.gov.tw/index.php?guid
=BD28807E-9D44-A1D4-D795-3408DA587793）項下。